故事发生在2023年的中国，十五年前巨大不明生物体Maryway伪装成陨石袭击地球，奥特曼与米利尼安两位战士截击Maryway失败，怪兽坠落到日本海，地轴偏斜，引起巨大海啸，湮没日本岛及中国大陆部分沿海城市，地球气象剧变，十五年间超过1/3陆地沙漠化。而米利尼安则坠落到了甘肃敦煌月牙泉的沙漠，躯体被黄沙掩埋。15年后，地球军方受到神秘组织S指引成立BASE，果然新的巨型生命体再次来袭，当年坠落地