州与中央政府间的关系，就北齐而言，州受控于方镇都督，成为这个时期的明显特点。
各政权中中央与地方的关系，初期，总是表现为中央集权较强，地方则明显弱化。
整体上，表现为以地方分权为主，而个别时期的中央集权又显得高度强势。
一方面，地方有义务服从中央政府的领导，是朝廷这座权力大厦的根基，另一方面它又有实力为地方的实际利益而抵制中央，而使自己在地方的管理中有更多一点灵活性。
但弱点也是同样致命的，如中央与地方在行政权的关系上，三国西晋时期，表现为牧守申政，朝廷监控，中央集权明显较强。到了东晋南朝时期，门阀政治成熟，宗王出镇成为惯例，从中央到地方，门阀大族控制了内外权力，皇权总体上表现为驾驭地方无力。
一方大员，对于当地官员的任免，可以起到一锤定音的作用，这是中枢衰落、世家豪族壮大的主要原因之一。
到了后来，鲜卑人入主中原，北方广大的汉人地区和胡人聚居区，实行胡汉分治。加强胡人对汉人的地区的管理。州郡县则实行一州三刺史、一郡三太守、一县三令长制度。
三长官的设置一为宗室，一为鲜卑人，一为汉人。
在中央与地方的财权关系上，三国西晋时期，利权统归于朝廷。
地方上，则财分大府与小府。
开国之君对地方的控制较强，继体之君则控制乏力。
二者总是相互影响，一方面朝廷对地方政府的各种公共开支及军需开支有大量拨款，另一方面，地方各都督刺史还可以就地利用各种有利条件进行创收获利。北而朝廷，则只要对地方收拢地方上贡即可。
在军事上，州郡官员手上也控制着数量庞大的军队。
鲜卑人有尚武之风，深知马上得天下之妙诀，紧握军权，掌控地方。
地方则保留大量的州郡兵，以备不虞之变。
地方发生的许多叛乱，大多是由地方州郡兵平定的。