五月初二，庞尚鹏正式在天津卫总督衙门办公。
五月初三，海瑞任左督御史。
各地大军调动，这次调动，人员几乎没有变化，有些类似后世军区换防。
这次大明九边总兵大调换，这也是保护武将的一种方法，万历皇帝不想让武将和文官牵扯太深。
戚继光、杨四畏、麻锦、董一奎这些人到京城的五军都督府，一是让他们清点京营士兵数量，二是让他们养老。
杨四畏就是杨元的父亲。
麻锦是麻贵的哥哥。
董一奎是董一元的哥哥。
五月初六，升任大同知府魏允贞为大同巡抚，挂佥都御史衔。
五月初七，敕令都察院左督御史海瑞，吏部尚书王国光主持京察。
五月初九，敕令五军都督府清查京营士兵数量。
五月十一，蓟辽总督梁梦龙、山西巡抚辛应干、山西布政使、兵部左侍郎吴兑等三十七人，贪赃枉法，侵吞赈灾粮、克扣军饷、吃兵饷等，着押解京城，敕令都察院、大理寺、刑部审讯定罪。
五月十七日，升叶梦熊兵部左侍郎、右都御史、蓟、辽总督。
五月，二十六日，都察院御史弹劾徐阶，侵占百姓田地四千顷，徐家子弟鱼肉百姓，敕令南京都察院，南京镇守太监田义，押解徐家一百三十七口到京。
五月，二十八日，敕令都察院、大理寺、刑部审讯徐阶家族霸占松江府百姓田地案。
六月初一，万历皇帝封中军都督府左都督马芳，靖北伯，命礼部议谥号。
六月初三，派程任卿协办京察事宜。
六月初五，任命帅嘉谟、安远武、李兵署理税务局。
六月初七，近卫军新兵到齐。