在“扫荡”过程中，第16师团俘获了许多放下武器的华夏军人。
对于俘虏，中岛今朝吾在其日记中记述说：“败逃之敌大部进入第16师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理。”
“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。”
“仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。在仙鹤门附近集结的约有七八千人。此外，还有人不断地前来投降……处理上述七八千人，需要有一个大壕，但很难找到。预定将其分成一两百人的小队，领到适当的地方加以处理。”
“这些败兵的处理，大多由第16师团负责，因此师团无暇顾及入城或宿营等，只是一味地东奔西走。”
时任第16师团步兵第30旅团长佐佐木到一也在日记中记述说：“接连不断地有俘虏前来投降，其数量高达数千人。情绪亢奋的士兵丝毫不理睬上级军官的劝阻，将俘虏一个个地杀死。回想到许多战友流的血和十天来的艰难困苦，别说士兵了，我自己也想说‘全都干掉吧’。”
日军占领南京后，以第16师团步兵第30旅团为南京警备部队，佐佐木到一担任警备司令。
所谓“警备”，实际上就是搜捕放下武器，在国际安全区避难的华夏士兵。
第16师团在“扫荡”残敌过程中，在国际安全区进行所谓的甄别搜捕，将头上有帽痕，手上有老茧的青壮年男子从难民中强行拉走，予以集体屠杀，其中许多人是普通的平民。
在搜捕华夏士兵的过程中，一些毫无军纪可言的鬼子兵还大肆强奸妇女、抢劫财物。
历史上，在战后对日本战犯的审判中，许多南京市民指证日军“中岛部队”的暴行，这里的“中岛部队”，就是以中岛今朝吾为首的第16师团。
此时的第16师团，原师团长中岛今朝吾中将，已经在去年7月份，升任关东军第四军中将军司令官，由藤江惠辅中将接任师团长，中泽三夫大佐为参谋长。
第16师团下辖：步兵第19旅团，旅团长为草场辰已少将（辖步兵第9联队，联队长为片桐护郎大佐；步兵第20联队，联队长为大野宣明大佐）；步兵第30旅团，旅团长为佐佐木到一少将（辖步兵第33联队，联队长为野田谦吾大佐；步兵第38联队，联队长为助川静二大佐）；骑兵第20联队，联队长为笠井敏松中佐；野炮兵第22联队，联队长为三国直福大佐；工兵第16联队，联队长为今中武义大佐；辎重兵第16联队，联队长为柄泽畔夫中佐。
另外，师团部还直辖通信队、病马厂、卫生队的第1至第4野战医院等作战辅助单位，是侵华日军的头等战力。