熊廷弼守辽为朝立下殊功一，而就是这样一为国呕心沥血日夜操劳的忠勇之士，却不幸遭到朝廷里日益猖獗为祸的党争迫害。万历十八年（元1620年）月二十一，亡清兴历史转折主要负责人昏庸的神宗朱翊钧终于死了。神宗长子朱洛继皇帝，是为宗泰昌帝。谁都没到朱洛福薄浅登不到一个月，就服用红丸丹药而突暴毙，这便是“红丸案”。宗死后十岁长子朱校继，是为熹宗启帝。宗后妃李选侍贪恋权势，为能把持朝权与太监魏忠贤密谋挟持朱校。而李选侍的图谋引起朝臣们竭力对。后以都给中杨涟、御史左斗为首的朝臣，经过不懈斗争迫使李选侍出熹宗，李选侍也迁移出乾清宫，而这方围绕朝权的激烈争夺也称为“移宫案”。“红丸案”、“移宫案”连同万历年间的“梃击案”，称为宫三大案（末三大案）。
随着宫三大案陆续发生，朝越发动荡难安，而导致动荡源就是愈演愈烈的朝廷党争。末党争本始于万历朝，当时，以江士大夫为主的东林党与浙党、楚党、齐党等派恶斗不休。熹宗朱校登后东林党凭借拥立之功势力大涨，不成荣登大宝的熹宗不理朝，整日木匠。着皇权旁落熹宗乳母客氏和宦官魏忠贤趁机勾搭起来，大肆攫权把持了朝。用《史》话讲，“内大权一归忠贤”。客魏集团的篡权夺引发东林党人严不满，他们旋将攻击矛头客魏二人。客氏生性“淫而狠”，魏忠贤也是“猜忍阴毒”之人，二人都不是善茬又怎会轻易服软，拱手让权给东林党哪。于是客魏二人拉拢一帮人马组了自己的势力集团。曾经落败于东林党的浙党、楚党等派趁机纷纷投靠客魏二人，这便是末历史上臭名昭著的阉党集团。为争夺朝权，阉党、东林党之间互攻讦不止恶斗不休，把朝廷折腾得是乌烟瘴气不说，国家更是糜烂不堪。已摇摇欲坠的朝在这无休止的混乱中愈发乏术，加速灭亡终点冲下去。
朝混乱连党争恶斗的影响快波到辽东线，首当冲的就是熊廷弼。熊廷弼有胆有识实在是当时一难得军人才，而人无完人熊廷弼也有性格缺点，“性刚负气，谩骂，不为人下，物以故不甚附”，如暴躁脾气自会得罪多人。再加上他从不徇私纳贿也不曲逢迎朝廷权贵，自就成为朝廷党争中攻讦的对。曾与熊廷弼结有仇隙的朝中小人刘国缙和姚宗文拉帮结伙，借口努尔哈赤试探进攻辽沈时军走死逃亡余人，大肆污蔑倾陷熊廷弼。熊廷弼多上疏自辨，同时朝廷中多有识之士也为熊廷弼陈论理。兵科给中朱童蒙胆言，“臣入辽时，士民垂泣而，谓数十万生灵皆廷弼一人所留，罪何可轻议？独是廷弼深，蒲河之役，敌攻沈阳，策马趋救，何壮也”。
怎奈在刘国缙、姚宗文党羽帮凶的竭力诟病和复攻劾下，熊廷弼终未能逃脱恶斗的暗算排挤下台。朝右佥都御史袁应泰替熊廷弼为辽东经略。心而论，袁应泰为人号称毅精敏也确实是个忠君爱民的官，地方职时绩颇佳口碑。可惜他不擅长军旅之。虽如要袁应泰能到萧规曹随，延续熊廷弼既有确策略，辽东局势还是不至于失控的。而，书生气的袁应泰不认同熊廷弼以往策略方法。到后袁应泰按照自己心不切实际地乱一（《史》记载，“应泰历官精敏毅，用兵非所长，规画颇疏。廷弼在边，持法严，部伍整肃，应泰以宽矫之，多所更易”）。熊廷弼费尽心血惨淡经营方才得的项成，转瞬间便随之付诸东。辽东局势快再度恶化起来。
朝愚蠢地罢免熊廷弼之举无异于自毁长城。当时后金灾依旧十分严，史称，“赤地千里，年荒米贵，石米两”。于后金粮食奇缺，数以千计的女真人迫丐东乞。面对严峻灾，努尔哈赤急需过战争去掳掠所必需的物资来度过灾荒，进而维护会稳定。另一方面，后金在灭亡叶赫部初步招抚内喀尔喀蒙古后，军实力又得到进一步发，兵力扩至十万。以上两点影响，努尔哈赤早就辽河域兴兵。全熊廷弼经略有方，努尔哈赤出于谨慎才未敢轻举妄动，足足隐忍了一年多。得辽东经略易人努尔哈赤叫一个喜出望，在努尔哈赤眼中区区一个书呆子袁应泰本就不是他对手。经过精心准备，得偿所愿的努尔哈赤终于辽阳、沈阳两座镇发起大举进攻。启元年（元1621年）二月二十一日，努尔哈赤亲率大军兵分八进攻辽阳、沈阳门户奉集堡，拉开辽沈大战序幕。
熊廷弼去职离后，辽东军曾经颓废怯战的故态快复起。颓靡气氛影响，后金军一所遇军几乎都是不战而逃。驻扎奉集堡队军同样不敢与后金军对阵，胆战心惊的军弃要塞奉集堡于不顾自行溃去。兵不血刃拿下奉集堡后后金军士气大振，而努尔哈赤攻打辽阳、沈阳的信心也大大增。三月十日，努尔哈赤于萨尔浒城举行誓师。誓师后，后金军将梯、楯、营、栅等战具载入舟中，沿浑河水陆进浩浩荡荡地杀沈阳。十二日凌晨，万后金军进抵沈阳，沈阳之战爆发。在熊廷弼精心大力修缮下，沈阳城防异坚固，同时还配备有大量进火炮和储备充足的粮草、军械等物资。文献记载，仅沈阳城就挖有与人身等的陷阱十，井底密集插满尖木桩；陷阱之后挖有大壕也是尖桩密布，又树立大栅栏；沿内壕排列楯车，每辆楯车上安大炮二门、小炮门，两车之间还配置大炮门。如严密布防的沈阳城绝对称得上固若金汤，再加上以逸待劳的朝万守军。努尔哈赤要攻打沈阳绝非轻易之，弄不，万后金军可能就会葬身在沈阳坚城深壕下。
努尔哈赤不愧是一杰出军家，他深若单凭蛮力去硬攻濠宽堑深且还枪炮众多的沈阳城，会徒劳增加己方无谓损失，而且死伤再多也不会有何实际效。迁延日久待援沈军赶至，时后金军必将面临腹背敌不局面。为更发挥己方善于野战驰突的优势，努尔哈赤决设下埋伏将军诱出坚城再打。为把沈阳城内军引出来，十二日，努尔哈赤派出数十骑隔壕侦探。武举出身的总兵尤功见来敌不多，遂领着家丁大胆出战，斩杀后金稍骑人乃还，后金军旋而兵围沈阳城。十三日，努尔哈赤后金军推着楯车佯攻城东门。同时已经是抚顺额驸的李永芳也派人入城劝降，守将贺贤大怒斩杀了后金来使。。
贺贤的确是一员难得勇将，熊廷弼素爱才，将与副将朱万良为倚。而贺贤虽勇却少有谋略，若能在熊廷弼调度节制下足可荣立大功。可惜熊廷弼离职后，贺贤不得战守良策，而袁应泰又未能为贺贤安排得力参谋助手。结骁勇少谋的贺贤奸狡诡诈的努尔哈赤轻易骗过。贺贤不是计以为佯攻的后金军怯战，贸率千余家丁杀出东门。在后金羸卒引诱下贺贤部下误入后金军精心布设的埋伏圈。突，后金精骑面杀出，贺贤所部立陷入到数万敌军包围之中。贺贤到底是条汉虽陷围却不肯束手就擒，仍尤挥舞铁鞭于敌军中复冲杀。随贺贤出战的千余家丁也都非英勇，皆与八旗兵殊死搏杀。贺贤率所部将士且战且退企图杀沈阳。终归是寡不敌众，贺贤所部近至沈阳门时，部下已死伤惨，贺贤也身中箭再难进。部将“劝贤走辽阳”，贺贤毅复，“吾为大将，不能存城，何面目以见袁经略！”陷入后金军围的贺贤，“挥铁鞭决斗，击贼数十，中矢（计十箭）坠马死”。总兵尤功也率兵从门杀出把贺贤救来。结仍是不敌城后金军，“兵皆溃，（尤功）亦力战而死”。
军主将贺贤、尤功皆已阵亡。失去挥官的守城军立陷入到群龙无首的混乱境况中。在努尔哈赤亲自督战下，后金军趁机沈阳城发起全面进攻。史载，“州兵从东隅以土填堑，城上连发炮”。而沈阳城终究修筑得高大险峻，后金军猛攻整整一晚也没进。到快亮时，连续射击导致军火炮过热，装药喷不能再射击。后金军趁机“蜂拥过壕，急攻东门”。就在时已潜入城里，冒充蒙古饥民的后金谍工突于城内响应。打开城门砍断桥绳下吊桥，城后金军终得成功越壕入城。主将已死、城防已破，分散于城内的军“洶洶溃散”。散沙之势下再难组织有效抵抗，快后金军逐个消灭。镇沈阳宣告沦陷，城中军民杀万。军战死将领包括：总兵贺贤、总兵尤功、员（吏）、副将、游击、诸大官约三十人，至于战死的千总、总等小官更是不计数。